La recherche sur Medline : quelques clés pour l'utilisateur

François Babinet

Néphrologie, Le Mans

(mise à jour : juin 2006)

Introduction

La décision de mettre en ligne gratuitement sur Internet la base de données Medline produite par la National Library of Medicine (NLM) américaine a été prise en juin 1997 par le gouvernement américain. Medline s'est alors rapidement imposé comme le standard de la recherche bibliographique médicale et il figure souvent en lien direct dès la page d'accueil de nombreux sites Web médicaux ou scientifiques. Le portail Pubmed de la NCBI (National Center for Biotechnology Information), a été mis en ligne fin 1999 et subit de régulières améliorations. Que nos recherches bibliographiques dans les volumes de l’Index Medicus du siécle dernier sont loin ! Un équipement informatique banal muni d'une connexion télématique permet de réaliser actuellement le même travail en quelques minutes.

Le vocabulaire de la recherche : le MeSH

Le MeSH (Medical Subjects Headings) est le thésaurus des termes employés pour indexer la base de données bibliographiques Medline. Il compte 23880 mots-clés que l'on appelle "descripteurs" et plus de 40000 entrées. Chaque article est indexé dans la base de données quelques jours ou quelques semaines après sa parution avec ces descripteurs (15 au maximum). En fait, le MeSH est devenu le langage standard d'indexation des documents médicaux. La version française est préparée par l'INSERM. Comme notre Petit Larousse, le MeSH est le dictionnaire d'une langue vivante dont la dernière version bilingue 2006 est disponible : http://ist.inserm.fr/basismesh/meshv06.html# . Le toilettage annuel comporte des suppressions (50 cette année, « kidney, cystic » par exemple remplacé par « kidney diseases, cystic » introduit antérieurement), des modifications souvent de simple syntaxe ou d’évolution de la terminologie (140 cette année, « cretinism » devient « congenital hypothyroidism » ou « nephroblastoma devient « Wilms tumor »), et l'introduction de nouveaux termes (933 pour l'an 2006 dont une grosse majorité de produits chimiques ou pharmaceutiques…; mais apparaissent notamment « atherosclerosis », « overweight », « renal insufficiency acute ou chronic » …)

Les descripteurs sont classés selon une arborescence qui suit la logique d'un classement de bibliothèque. Les descripteurs majeurs [MAJR] reflètent le sujet principal de l'article, les termes MeSH non majeurs [MH] décrivent un aspect secondaire. Les entrées peuvent être multiples, ainsi le descripteur "Glomerulonephritis, IGA" sera t il retrouvé dans la déclinaison des maladies rénales et des maladies immunologiques :

All MeSH Categories

Diseases Category

Urologic and Male Genital Diseases

Urologic Diseases

Kidney Diseases

Nephritis

Glomerulonephritis, IGA

Immunologic Diseases

Autoimmune Diseases

Glomerulonephritis, IGA

Chaque interface Medline possède son propre moteur de recherche MeSH (MeSH-Database) pour aider l'utilisateur à repérer les termes et les intégrer directement dans l'équation de recherche. La saisie de IgA nephropathy ou Berger's disease trouvera le terme MeSH : Glomerulonephritis, IGA. Des qualificatifs (83 au total) ou subheadings hiérarchisés eux aussi peuvent être liés aux descripteurs MeSH pour en préciser le sens. Dans l'équation de recherche, on écrit : terme MeSH/qualificatif. Exemple : Glomerulonephritis, IGA/epidemiology ou Glomerulonephritis, IGA/EP, hypertension/diet therapy (/DH) ou hypertension/drug therapy (/DT) tous les deux retrouvés par le simple hypertension/therapy (/TH) qualificatif père des deux précédents.

2 conseils pratiques : la saisie de Berger, Kahler, Horton sera préférée à Maladie de …. qui aboutit à une impasse; si la recherche n'aboutit à aucun résultat, il faut la reprendre en modifiant les termes de la requête.

La grammaire de la recherche

Les opérateurs boléens sont toujours saisis en majuscules. AND permet la combinaison de 2 champs et restreint la recherche (ex : sujet X AND sujet Y, sujet AND auteur, auteur AND date de publication……). OR (en plus) élargit le champ de la recherche (hemodialysis OR peritoneal dialysis va retrouver les pages contenant l'un ou l'autre des termes ou les deux à la fois. NOT (sauf) exclut du champ de la recherche (glomerulonephritis NOT lupus nephritis…). Les opérateurs d'une équation de recherche sont lus de gauche à droite s'il n'y a pas de parenthèses avec la même logique qu'une équation mathématique !

Les dates doivent être entrées au format américain : YYYY,MM,JJ. Ne jamais introduire d'accent dans la fenêtre d'interrogation qu'il s'agisse d'une interface anglophone de Medline ou même dans le dictionnaire MeSH bilingue de l'INSERM.

La troncature, symbolisée par (*) permet de combiner des sujets, par exemple la recherche de Glomerulonephro* retrouvera les qualificatifs glomerulonephropathies, glomerulonephropathy, glomerulonephropaties, glomerulonephroses, glomerulonephrosis et glomerulonephrotic. Les guillemets (" ") forcent le lien entre les mots d'une expression; renal biopsy recherchera les 2 qualificatifs séparément alors que "renal biopsy " l'effectuera de façon liée. Ces deux notions doivent être utilisées avec prudence car elles empêchent le mapping et l'explosion automatique de la recherche (voir glossaire).

Medline

Base de données de référence pour le praticien , Medline analyse 4255 titres dont 86 revues francophones. Le "Journal Database " de PubMed donne accès aux titres des revues indexées. 11 millions d'articles ont été référencés depuis 1966. La mise à jour est quotidienne. Attention, l'indexation ne prend pas en compte les livres ou monographies ni les résumés de réunions scientifiques. Les interfaces d'entrée sont nombreuses, soit directes (voir infra), soit à partir d'un "portail" en cliquant sur le logo "Medline" de la page d'accueil :

• Société de Néphrologie : http://www.soc-nephrologie.org/
• Bibliothèque du CHR de Rouen : http://www.chu-rouen.fr/documed/medline.html
• Université de Liège : http://www.ebm.lib.ulg.ac.be/prostate/medline.htm
• Bibliothèque A.F.Lemanissier du CH du Mans : http://www.bmlweb.org

Un accès domine tous les autres actuellement : PubMed. Il est gratuit et en constante évolution grâce à la prise en compte des remarques des utilisateurs, c’est à dire de vous-même…..

PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi

Produit par le National Center for Biotechnology Information et la National Library of Medicine, la mise en ligne de cette nouvelle version date du 21 septembre 1999. La mise à jour du site est effectuée toutes les semaines. Il s'agit certainement du meilleur rapport performances / simplicité d'emploi. L'utilisateur peut tout simplement saisir un mot-clé en anglais dans la zone de requête pour une recherche simple puis taper "Go".

Une recherche plus fine utilise les champs d'indexation. La syntaxe est : terme [champ]. Ceux-ci peuvent être choisis manuellement : author name [AU], date of publication [DP], language [LA]…. Mais il est conseillé de se faire assister par le menu "Index". Il faut successivement :

• choisir son champ de recherche (menu déroulant)
• saisir un terme dans la fenêtre puis taper "Preview"
• l'intégrer dans l'équation de recherche avec un opérateur AND, OR ou NOT

On peut apporter une ou plusieurs (AND) limites à sa recherche avec la fonction : "Limits". Celles-ci peuvent s'appliquer par exemple à un champ, à une langue, un genre (male-female)…

La découverte de l'écran des résultats est intuitive. L'équation de recherche peut-être visualisée avec "details" et éventuellement modifiée. A tout moment il est possible de revenir en arrière vers le "MeSH Database" ou "Index".

Le parcours effectué est conservé dans "History". Il peut être retravaillé pendant toute la durée de la connexion par combinaison des numéros de recherche avec la syntaxe : # n°X AND #n°Y .

Le presse-papiers ou "Clipboard" permet de stocker les références (500 au max) au fur et à mesure du travail et de différer sauvegarde et impression.

L’équation de recherche est visible avec l’onglet « Details ». Conserver une stratégie de recherche fréquente est possible en sauvegardant la page HTML de l'écran en cliquant sur « URL », on sauvegarde l’équation qui pourra être ré-exécutée à volonté. En ouvrant cette page mémorisée, la connexion permet de rechercher les références actualisées; à quelques semaines d'intervalle, leur nombre augmente….

De nouvelles fonctions ont enrichi PubMed depuis février 2005 avec l’espace « My NCBI ». Il s’agit d’un espace personnel ouvert après inscription (gratuite) qui permet d’y placer ses équations de recherche et d’y suivre les résultats. L’élément nouveau par rapport au coffre-fort (cubby) qui le précédait est la possibilité de faire envoyer la liste des résultats d’une requête selon une périodicité définie dans votre propre boite aux lettres. C’est le « Push » : le serveur fait le travail dont vous lui avait passé commande, et le « pousse » dans votre boite aux lettres. En outre, « My NCBI » ajoute des filtres possibles aux « limits » vues plus haut.

Glossaire

Mapping : c'est la liste des mots voisins ou de l'environnement logique d'un terme. Le mapping permet de remplacer un terme non MeSH par un descripteur MeSH à partir d'une table de correspondance. Dans les différentes interfaces de Medline, le Mapping est automatique sauf utilisation de la troncature (*) ou des parenthèses (" ") qui l'empêchent.

Explosion : c'est la recherche d'un terme MeSH saisi dans la fenêtre, mais aussi de façon automatique de tous ceux qui sont indexés en dessous dans l'arborescence MeSH.

Pondération : c'est l'utilisation des descripteurs MeSH majeurs uniquement. Syntaxe : terme [MAJR] ; à utiliser avec parcimonie car restreint la recherche.

Le silence : c'est l'absence de réponse à une requête. Il faut relancer la recherche après une modification des termes.

Le bruit : c'est au contraire l'avalanche de réponses (inexploitables et peu pertinentes) qui invite à affiner la recherche.

Conclusion

Les interfaces de recherche bibliographiques sur Medline sont suffisamment conviviales et intuitives pour être utilisées à la fois par le débutant et l'utilisateur expert. Cette base de données universelle est à portée de main et elle n'est pas virtuelle! Chaque praticien, exerçant son art dans un lieu reculé de notre planète, n'est plus isolé. L’outil PubMed a des fonctionnalités puissantes et méconnues. L’utilisateur s’arrête souvent a une recherche basique découragé par un flot de réponses inutilisables. Faisons le vœu que le néphrologue ait l’ambition d’aller plus loin, il sera largement récompensé de ses efforts ! Une formation à la recherche bibliographique par Medline donnée à nos jeunes collègues et plus largement intégrée au cursus des études médicales apparaît très souhaitable au signataire de ces lignes.

Bibliographie

La rapidité d'évolution de l'Internet explique que les références proposées soient "on-line". La recherche a été faite en juin 2006 et des modifications peuvent être intervenues lorsque le lecteur en prendra connaissance. Bien vérifier lors de la lecture d'un texte qu'il soit signé et que la date de mise à jour soit explicite.

1. La Revue du Praticien médecine Générale publie chaque semaine une chronique de Ph.Eveillard sur l'Internet médical. Ces articles ne sont malheureusement plus disponibles en ligne en juin 2006.
2. Le site du CHR de Rouen donne sous la signature de B.Thirion des liens bibliographiques et un cours d'initiation à PubMed.
3. Un cours de PubMed très pédagogique et illustré est donné par C.Boudry de l'Ecole des Chartes. http://www.ext.upmc.fr/urfist/biolo/bioguide2/medline/medline.htm (mise à jour décembre 2005).