La réaction de rejet est d'autant plus faible que la compatibilité immunologique entre donneur et receveur est meilleure. Tout l'effort des transplanteurs a donc été de trouver le meilleur conditionnement du couple donneur receveur pour diminuer, voir supprimer, le processus de rejet. De nombreux critères ont été proposés.
Les uns consistent à choisir le meilleur appariement immunologique . Très tôt, on s'est rendu compte que la transplantation devait respecter la compatibilité des groupes sanguins ABO. La découverte (J. Dausset 1954), puis la description du système HLA, qui représente chez l'homme le complexe majeur d'histocompatibilité, a conduit au typage tissulaire permettant d'identifier le meilleur couple donneur-receveur. La recherche des anticorps anti HLA par la technique du cross-match, en éliminant les couples où le receveur a déjà développé des anticorps dirigés contre le système HLA du donneur potentiel, a pratiquement fait disparaître les rejets hyperaigus.
Les autres consistent à modifier la réaction immunologique du receveur : c'est le problème complexe des transfusions sanguines pré-transplantation, et celui en voie d'expertise des injections de cellules souches. Les immunosupresseurs entrent naturellement dans ce conditionnement immunologique du receveur, mais compte tenu de leur importance et pour des raisons pratiques d'organisation du document ils sont envisagés dans un chapitre indépendant.