EXAMEN DES URINES

L'urine est normalement stérile. La valeur d'un examen bactériologique implique que soit éliminé le risque de contamination, surtout important chez la femme.

Recueil correct des urines : la ponction sus-pubienne est la méthode de référence, mais, en dehors de cas particuliers (nourrissons, grossesse, sujets comateux) ne sera pas utilisée en routine. La méthode habituelle est le recueil au milieu de la miction, en éliminant le premier volume d'urine susceptible de contenir les saprophytes de l'urètre, et après lavage soigneux du méat urétral chez l'homme et de la région périnéale et vulvaire chez la femme ( savon et rinçage à l'eau stérile). L'échantillon d'urine doit être envoyé le plus rapidement possible au laboratoire, les bactéries continuant à proliférer dans le milieu urinaire, ce qui fausse le résultat de la numération bactérienne.

Numération des bactéries : la croissance bactérienne étant rapide dans l'urine, sa quantification devrait permettre la distinction entre contamination et infection. Le concept de "bactériurie significative" (Kass) est le suivant : les bactéries qui se sont multipliées dans l'urine vésicale avant la miction, qui ont donc la signification d'une infection, sont présentes en grande quantité (> 100.000 bactéries formant une colonie/ml), alors que les bactéries contaminantes ne sont trouvées qu'en faible quantité (< 1000/ml). Ce concept est devenu très populaire, et pour beaucoup la définition d'une infection urinaire est une numération bactérienne = ou > 10⁵/ml. Une numération = ou < 10.000/ml est une contamination, et entre 10.000 et 100.000/ml l'examen devrait être refait. En fait, il s'agit d'une donnée statistique, surtout intéressante dans les IU asymptomatiques où elle s'est révélée une excellent outil épidémiologique.

Ce seuil de 10⁵/ml doit être abaissé dans les infections symptomatiques où l'association de signes cliniques et d'une pyurie élimine la vraisemblance d'une contamination. Une numération "non significative" à 10⁴/ml, voire 10³/ml, peut correspondre à une authentique infection dans les conditions suivantes : traitement antibactérien en cours, présence de bactéries à développement lent (Streptococcus faecalis, anaérobies), substances antimicrobiennes à l'état de trace, uropathie obstructive pouvant séquestrer les bactéries, extrême acidification des urines, mictions très fréquentes qui en favorisant le "lavage" des voies urinaires diminue le nombre de bactéries, enfin chez l'homme où toute ITU doit être considérée comme significative.

En pratique, on peut retenir les critères suivants :

• cystite aigue >10³/ml (?> 10²/ml)
• pyélonéphrite aigue non compliquée > 10⁴
• ITU chez l'homme > 10⁴/ml
• bactériurie asymptomatique 10⁵/ml x 2

Identification des bactéries : elle comporte plusieurs étapes :

• recherche directe des bactéries associée à une coloration de Gram. L'infection est affirmée pour >1 bactérie par champ au fort grossissement (urine non centrifugée) ou > de 20 sur le culot de centrifugation
• mise en culture en utilisant un milieu ordinaire pour les bactéries communes (Gram -, entérocoques, staphylocoques) et sélectifs (certaines bactéries Gram + ou -, anaérobies, mycoplasmes, BK);
• identification et antibiogramme. La constatation d'une flore plurimicrobienne est très suspecte de contamination.

Agents pathogènes :

1. Bactéries : la plupart des bactéries à l'origine d'une ITU sont d'origine intestinale, d'où la prédominance des entérobactéries Gram - et du Streptococcus faecalis (entérocoque) Gram +. Dans le groupe des Gram + émerge le Staphylococcus saprophyticus (Micrococcus sous groupe 3, novobiocine résistant, autrefois appelé Staphylococcus epidermidis). Le tableau suivant montre les différences de répartition entre malades de médecine générale et malades hospitalisés, de même que l'évolution de cette répartition de 1971 à 1991 (Grüneberg) : en milieu hospitalier la flore microbienne est modifiée par les traitements antérieurs, les éventuelles explorations urologiques, les lésions obstructives, les surinfections. Les 2 bactéries caractéristiques des infections hospitalières sont Serratia et Pseudomonas.

	malades de ville	malades hospitalisés
Bactéries Gram -	1971---------------1991	1971--------------1991
Escherichia coli	78,5 %----- 67,9%	55,4 %---- 48,3%
Proteus mirabilis	9,2 %----- --4,4%	11,4%-------5,1%
Klebsiella/Enterobacter	2,3 %--------5,8%	16,8%-------8,6%
Pseudomonas aeruginosa		2,7%---------5,4%
Bactéries Gram +
Entérocoques	2,3%---------5,7%	4% ----------11,3%
Staphylocoques	5,1%---------4,6%	3,3%----------9,8%
Autres	2,6%--------11,6%	4,4%---------11,5,5% *

* = dont environ 4% d'infections à Serratia

2. Autres organismes :

• mycoses : l'infection à candida survient en général chez les sujets porteurs d'un cathérisme vésical, disparaissant quand celui-ci est enlevé. Elle peut survenir dans le cadre d'une septicémie à candida (albicans, tropicalis) chez l'immunodéprimé.
• mycoplasme : bactéries dépourvues de parois, leur isolement nécessite des milieux spéciaux. M.hominis et surtout Urealyticum jouent un rôle important dans les infections génitales, et sont de plus en plus mis en cause dans le syndrome urétral.
• organismes des maladies sexuellement transmissibles : gonocoques, Chlamydiae, trichomonas interviennent dans la discussion du syndrome urétral, mais ne donnent habituellement pas d'infection au delà de l'urètre. Le rôle de Chlamydiae à l'origine d'infection urinaire vraie semble de plus en plus évident.

Cytologie : 

    Elle est effectuée directement sur de l'urine non centrifugée et observée sur une cellule type hémocytomètre. La leucocyturie est définie par la présence d'au moins 10 leucocytes/ml d'urine non centrifugée ou 2 à 5 leucocytes par champ au fort grossissement d'urine centrifugée, ou encore en utilisant la numération par minute > 10.000/mn. La leucoyturie est un bon signe d'accompagnement, mais elle peut exister en dehors d'une infection ("pyurie stérile") dans les circonstances suivantes : contamination de l'échantillon d'urine par des sécrétions vaginales, tumeur uroépithéliale, lithiase, néphrite interstitielle chronique (par exemple néphropathie des analgésiques).La présence de polynucléaires altérés (pyurie) est très fréquente dans les ITU symptomatiques. Les cylindres leucocytaires suggèrent une infection haute.

Autres tests : 

    De nombreuses méthodes moins onéreuses que l'examen bactériologique qui nécessite une culture ont été proposées , surtout dans les programmes de dépistage de masse de l'ITU. Les bandelettes utilisées en pratique pour l'examen d'urine (MULTISTIX®,URITEST®) permettent, entre autres déterminations, de détecter * d'une part la présence d'une leucocyturie (leucocyte esterase) avec une sensibilité d'environ 80% et une spécificité de 95%,* d'autre part celle d'enterobactérie ( réduction par la bactérie du nitrate urinaire en nitrite) avec une sensibilité de 95% et une spécificité de 75%, les Gram + et le Pseudomonas n'étant en particulier pas détectés. En général, un test négatif est suffisant pour éliminer une vraie infection, sauf si les symptômes sont très suggestifs. Un test positif doit toujours être complété par un examen bactériologique.